भाजपा में विजया रहाटकर के काम की बात करें तो वह साल 2000 से 2010 तक औरंगाबाद नगर निगम की निर्वाचित सदस्य भी रहीं. 2007 से 2010 तक वह औरंगाबाद की महापौर भी चुनी गई थीं. महापौर कार्यकाल के दौरान वह राष्ट्रीय महापौर परिषद की उपाध्यक्ष और महाराष्ट्र महापौर परिषद की अध्यक्ष भी रहीं. साल 2010 से 2014 तक वह भाजपा महिला मोर्चा की राष्ट्रीय महासचिव रहीं. इसके बाद 2014 में वह भाजपा महिला मोर्चा के राष्ट्रीय अध्यक्ष बनीं.  

भाजपा महिला मोर्चा की राष्ट्रीय अध्यक्ष के पद पर रहते हुए रहाटकर ने भारत के सभी राज्यों का दौरा किया. न केवल दौरा बल्कि पूरे भारत में भाजपा के विभिन्न अभियानों और कार्यक्रमों का भी संचालन किया. उन्होंने एसिड अटैक सर्वाइवर के पुनर्वास और मदद के लिए कई काम किए. एसिड अटैक पीड़ितों को चिकित्सा उपचार और कॉस्मेटिक सर्जरी, रोजगार उपलब्ध कराना और काउंसलिंग आदि जैसे कई सहायता उपलब्ध कराने का प्रयास किया. इसके अलावा उन्होंने एसिड अटैक पीड़ितों को मशहूर हस्तियों के साथ कॉन्फिडेंस वॉक का भी आयोजन किया.