กลับมาเป็นประเด็นร้อนอีกครั้ง หลังมีการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างบริหารด้านการเงินวัดพระธาตุพนมฯ โดยแต่งตั้งคณะกรรมการชุดใหม่ 15 คน เพื่อดูแลการจัดการเงินบริจาคจำนวนมหาศาลกว่า 114 ล้านบาท ที่กระจายอยู่ใน 36 บัญชีของวัด 

ความเคลื่อนไหวดังกล่าวนำมาสู่ความขัดแย้งภายใน โดยเฉพาะระหว่างไวยาวัจกรบางรายที่ออกมาเรียกร้องให้ตรวจสอบบัญชีย้อนหลัง 5 ปี ท่ามกลางข้อสงสัยเรื่องความโปร่งใสในการเบิกจ่ายงบประมาณรายเดือนที่เฉลี่ย 900,000 – 1,000,000 บาท ซึ่งครอบคลุมค่าน้ำ-ไฟ, ค่าแรง, เงินถวายพระสงฆ์ และค่าใช้จ่ายโรงเรียนพระปริยัติธรรม

นางวนิดา ตติยะรัตน์ เจ้าหน้าที่การเงินของวัด ระบุว่า รายได้ส่วนใหญ่มาจากตู้บริจาค, ค่าบูชา, และเงินทำบุญกิจกรรมต่าง ๆ โดยมีการสรุปยอดรายวันและนำเข้าฝากธนาคารภายใต้การกำกับของกรรมการ พร้อมยืนยันตรวจสอบได้ทุกขั้นตอน 

อย่างไรก็ตาม ปัญหาไม่ได้จำกัดแค่บัญชีวัด ยังรวมถึงข้อร้องเรียนเรื่อง "แผงค้าและที่จอดรถช่วงงานบุญเดือนสาม" ที่มีการนำโควต้าไปขายต่อให้พ่อค้าแม่ค้าในราคาสูงถึง 5–10 เท่าจากอัตราเริ่มต้น 3,000–12,000 บาทต่อแผง ซึ่งอาจเข้าข่ายเอื้อผลประโยชน์ภายใน

นายบวรศักดิ์ สีหนาทลือชาชัย นักวิชาการศาสนาจังหวัดนครพนม เผยว่า สำนักงานฯ รับทราบปัญหาแล้ว และจะเสนอให้คณะสงฆ์จังหวัดตรวจสอบ เนื่องจากสำนักงานพระพุทธศาสนาไม่มีอำนาจดำเนินการโดยตรงในเรื่องภายในของวัด วัดพระธาตุพนมถือเป็นศูนย์กลางศรัทธาของชาวพุทธทั้งไทยและลาว โดยเฉพาะในงานนมัสการองค์พระธาตุพนม ที่มีผู้ร่วมงานหลายแสนคนต่อปี การบริหารจัดการเงินบริจาค จึงตกอยู่ภายใต้สายตาของสาธารณะ ซึ่งคาดหวังความโปร่งใส และตรวจสอบได้เพื่อรักษาศรัทธาในระยะยาว