กรมราชทัณฑ์จำแนกประเภทหรือชั้นของเรือนจำ โดยอาศัยเกณฑ์อย่างหนึ่งอย่างใด ดังนี้
เรือนจำกลางคลองเปรม เป็นเรือนจำความมั่นคงสูงมีอำนาจในการควบคุมผู้ต้องขังถึงกำหนดโทษประหารชีวิต ภายในแบ่งออกเป็น 10 แดน ภายนอก 1 แดน โดยจำแนกไว้ตามความเหมาะสมกับผู้ต้องขัง แต่ละประเภท เพื่อประโยชน์ในการควบคุม และการอบรมพัฒนาพฤตินิสัย คุมขังเฉพาะผู้ต้องขังเพศชาย
จ
กลุ่มผู้ต้องขังข้ามเพศ แบ่งออกเป็น 3 ประเภท
ประเภทที่ 1 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่แปลงเพศโดยสมบูรณ์แล้ว
ประเภทที่ 2 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่ยังไม่แปลงเพศ แต่ลักษณะทางกายภาพไม่เป็นไปตามเพศกำเนิด เช่น เสริมหน้าอก
ประเภทที่ 3 คือ ผู้ต้องขังข้ามเพศที่ยังไม่แปลงเพศและไม่ได้มีกายภาพที่เปลี่ยนแปลงไปเพียง แต่พิจารณาแล้วเห็นควรให้ มีการแยกขัง เนื่องจากมีความเสี่ยงต่อการถูกล่วงละเมิดทางเพศ
เรือนจำฯ แบ่งการควบคุมเป็น 11 แดน โดยเป็นการควบคุมภายในเรือนจำ 10 แดน ได้แก่
1) ผู้ต้องขังรายสำคัญ 2) ผู้ต้องขังในคดีอุกฉกรรจ์3) ผู้ต้องขังฐานความผิดคดียาเสพติด, ฐานความผิดคดีทั่วไป 4) ผู้ต้องขังที่มีพฤติกรรมไม่น่าไว้วางใจ 5) ผู้ต้องขังที่มีพฤติกรรมจะหลบหนีหรือมีปัญหาในการควบคุม และ 6) ผู้ต้องขังแยกการควบคุมระหว่างสอบข้อเท็จจริง
ส่วนแดน 10 สถานกักกันคลองเปรม ไว้คุมขังผู้ต้องกักกัน
อนึ่ง หากผู้ต้องขังรายใดกระทำผิดวินัยหรือมีพฤติการณ์ไม่น่าไว้วางใจหรืออยู่ระหว่างสอบสวนข้อเท็จจริง เรือนจำจะพิจารณาย้ายผู้ต้องขังไปควบคุมไว้ในแดน 5 (แดนความมั่นคง) เพื่อแยกการควบคุม ซึ่งรวมถึงผู้ต้องขังข้ามเพศ
สำหรับผู้ต้องขังที่แยกการควบคุมนั้น จะควบคุมไว้ในห้องคุมขังช่วงเวลากลางคืนเท่านั้น ส่วนเวลากลางวันผู้ต้องขังสามารถออกไปทำกิจกรรมได้ เช่น การเยี่ยมเยียนจากญาติ การพบทนายความ การทำกิจกรรมอื่นตามที่เรือนจำกำหนด เป็นต้น
กรมราชทัณฑ์ขอเรียนว่า พร้อมให้ตรวจสอบกล้องวงจรปิดในห้วงเวลาก่อนเกิดเหตุจนถึงการชันสูตรพลิกศพในที่เกิดเหตุตลอด 24 ชั่วโมง หรือ ภายในระยะเวลาที่หน่วยงานร้องขอ และพร้อมเปิดเรือนจำฯ ให้ทุกหน่วยเข้าตรวจสอบสถานที่ได้
ทั้งนี้ขอย้ำว่า เรือนจำฯ ได้ดำเนินการตามมาตรฐานการปฏิบัติต่อผู้ต้องขัง (SOPs) รวมถึง สิทธิการคุ้มครองอย่างเท่าเทียมกันทางกฎหมาย โดยได้ยึดแนวทางปฏิบัติต่อผู้ต้องขังทุกรายอย่างเท่าเทียมให้เป็นไปตามมาตรฐานสากลและหลักทัณฑวิทยา
