Bangunan ini tidak memiliki alun-alun, masjid agung, maupun kompleks kerajaan yang megah. Dari segi arsitektur, Keraton Kaprabonan justru berbentuk ndalem atau kediaman pemangku adat.

Sejarahnya bermula ketika terjadi perselisihan di lingkungan Keraton Kanoman yang dipimpin Sultan Badrudin. Perselisihan tersebut membuat Sultan Badrudin memisahkan diri dan mendirikan Keraton Kaprabonan sekitar akhir abad ke-17.

Karena dibangun sebagai tempat tinggal sekaligus pusat kegiatan adat dan keagamaan, Keraton Kaprabonan tidak mengikuti tata ruang keraton-keraton besar di Cirebon.

Lokasinya pun cukup tersembunyi. Untuk mencapai kawasan keraton, pengunjung harus melewati gang sempit di antara deretan ruko di Kecamatan Lemahwungkuk, Kota Cirebon.

Meski tampil sederhana, Keraton Kaprabonan memiliki peran penting dalam sejarah Cirebon. Keraton ini menjadi pusat pengajaran tarekat Syekh Syarif Hidayatullah sekaligus tempat penyimpanan berbagai peninggalan bersejarah, seperti kitab-kitab Islam dan keris warisan.

Selain itu, Keraton Kaprabonan juga berfungsi sebagai tempat pengukuhan raja atau sultan sebelum menerima gelar adat.

Di halaman keraton berdiri tajug atau musala kuno, gapura berhias porselen Tiongkok, patung singa, serta lambang Dalung Darma yang menjadi simbol kebesaran Keraton Kaprabonan.