न्यायमूर्ती सूर्यकांत, न्यायमूर्ती दीपंकर दत्ता आणि न्यायमूर्ती सतीश चंद्र शर्मा यांच्या खंडपीठाने उलट निर्णय दिला. 2006 मध्ये अलाहाबाद उच्च न्यायालयाने आपल्या निर्णयात अलीगढ मुस्लिम विद्यापीठाला अल्पसंख्याक संस्था मानली नाही. उच्च न्यायालयाच्या निर्णयाविरोधात सर्वोच्च न्यायालयात याचिका दाखल करण्यात आली होती, त्यावर सुनावणी पूर्ण करून सर्वोच्च न्यायालयाने 1 फेब्रुवारी रोजी निर्णय राखून ठेवला होता. 

सात न्यायाधीशांच्या घटनापीठाचा बहुमतातील (४:३) निर्णय आहे की एखादी शैक्षणिक संस्था अल्पसंख्याक ठरण्यासाठी पुढील निकष विचारात घेतले जावेत.

१. संस्थेची स्थापना अल्पसंख्याकांद्वारे करण्यात आली होती का?

२. ⁠संविधानाची अंमलबजावणी झाली त्यावेळी, संबंधित संस्था अल्पसंख्याक दर्जाची होती का?

३. ⁠कार्यालयीन कागदपत्रे, पत्रव्यवहार इत्यादी पुरावे विचारात घेऊन संस्था अल्पसंख्याकांसाठी होती का, याचा विचार केला गेला पाहिजे.

४. ⁠अल्पसंख्याक दर्जा असलेल्या संस्थेचे व्यवस्थापन अल्पसंख्याकांकडे असणे गरजेचे नाही.

1968 च्या एस. अझीझ बाशा विरुद्ध युनियन ऑफ इंडिया या प्रकरणात सर्वोच्च न्यायालयाने एएमयूला केंद्रीय विद्यापीठ मानले होते. परंतु 1981 मध्ये, एएमयू कायदा 1920 मध्ये सुधारणा करून संस्थेचा अल्पसंख्याक दर्जा पुनर्संचयित करण्यात आला. नंतर याला अलाहाबाद उच्च न्यायालयात आव्हान देण्यात आले आणि प्रकरण सर्वोच्च न्यायालयात पोहोचले.

2019 मध्ये सर्वोच्च न्यायालयाच्या तीन न्यायाधीशांच्या खंडपीठाने हे प्रकरण सात न्यायाधीशांच्या खंडपीठाकडे पाठवले होते. सुनावणीदरम्यान, सरकारच्या अखत्यारीत असलेले विद्यापीठ अल्पसंख्याक संस्था असल्याचा दावा करू शकते का, असा प्रश्न उपस्थित करण्यात आला होता. 1967 मध्ये अझीझ बाशा विरुद्ध भारतीय प्रजासत्ताक या खटल्यात सर्वोच्च न्यायालयाच्या पाच न्यायाधीशांच्या खंडपीठाने अलिगढ मुस्लिम विद्यापीठाचा अल्पसंख्याक दर्जाही नाकारला होता. तथापि, 1981 मध्ये, सरकारने एएमयू कायद्यात सुधारणा करून विद्यापीठाचा अल्पसंख्याक संस्थेचा दर्जा पुन्हा बहाल केला.