धनंजय मुंडे यांचे राजकीय आयुष्य वादग्रस्त राहिले राहीले आहे. याच्या आधी त्यांचा वाद दिवंगत भाजप नेते गोपीनाथ मुंडे यांच्याशीही झाला होता.
2007 मध्ये धनंजय मुंडे यांची भारतीय जनता युवा मोर्चा (BJYM) अध्यक्षपदी निवड झाली होती. पण काकामुंडे यांच्याशी झालेल्या वादानंतर त्यांनी भाजप सोडली होती.
यानंतर 2006 मध्ये एका महिलेने त्यांच्यावर बलात्काराचा आरोप केला होता. हा आरोप नंतर मागे घेण्यात आला.
तसेच त्यांच्या दुसऱ्या पत्नी करूणा शर्मा-मुंडे यांनी देखील त्यांच्यावर आरोप करत न्यायालयात खेचले होते. कौटुंबिक न्यायालयाने मुंडे यांना दोषी मानत पोटगी देण्याचा आदेश दिला होता
अशातच सामाजिक कार्यकर्त्या अंजली दमानिया यांनी देखील कृषी विभागात भ्रष्टाचाराचा आरोप करताना मुंडे यांनी कृषी खात्यात महाघोटाळा केल्याचा दावा केला होता.
आवादा कंपनीच्या खंडणीची डील धनंजय मुंडेंच्या सातपुडा बंगल्यावर झाल्याचा आरोप आमदार सुरेश धस यांनी केला होता. यामुळे एकच खळबळ घडाली होती.
संतोष देशमुख हत्याप्रकरणात धनंजय मुंडे आणि वाल्मिक कराड हे मुंबईतील सह्याद्री अतिथीगृहावर डील करण्यासाठी गेले होते, असा आरोप आमदार संदीप क्षीरसागर यांनी केला होता.
तर आता सरपंच संतोष देशमुख हत्याप्रकरणात वाल्मिक कराड हात असल्याचे सिद्ध झाल्याने आणि हत्येतील क्रूर फोटो व्हायरल झाल्याने अखेर धनंजय मुंडेना राजीनामा द्यावा लागला आहे.