मालेगाव बॉम्बस्फोट प्रकरणातील सर्व आरोपींची निर्दोष मुक्तता करण्यात आली आहे. साध्वी प्रज्ञा सिंह ठाकूर, लेफ्टनंट कर्नल प्रसाद पुरोहित, मेजर (निवृत्त) रमेश उपाध्याय, अजय राहिरकर, समीर कुलकर्णी, सुधाकर चतुर्वेदी आणि सुधाकर धरद्विवेदी यांची सर्व आरोपांमधून निर्दोष मुक्तता करण्यात आली. या सर्वांवर दहशतवादी कट रचणे, हत्या करणे आणि धार्मिक उन्माद पसरवणे असे आरोप होते. NIA विशेष न्यायालयाने हा निकाल दिला. निकालानंतर कर्नल प्रसाद पुरोहित यांनी प्रतिक्रिया दिली. ‘या 17 वर्षांत मला जी शिक्षा मिळाली, ती मी भोगली. जामिनावर बाहेर येऊनही मला बरंच काही सहन करावं लागलं’, असं ते म्हणाले.

निकालानंतर कर्नल पुरोहितांनी कोर्टाचे आभार मानले. जय हिंद म्हणून त्यांनी सुरुवात केली. ते पुढे म्हणाले, “माझी संस्था ही भारतीय आर्मी आहे. मला जी शिक्षा या 17 वर्षांत मिळाली, ती मी भोगली. जामिनावर बाहेर येऊनही मला बरंच काही सहन कराव लागलं. जे काही घडलं ते वाईट होतं. तपास यंत्रणा चुकीची नसते पण तपासयंत्रणेत काम करणारे काही अधिकारी चुकीचे असतात. त्यांचे आम्ही शिकार बनलो. अधिकारांचा गैरवापर करून आम्हाला शिक्षा देण्यात आली. सामान्य माणसाला असा त्रास पुन्हा कधी सहन करायला लागू नये. मी आभारी आहे, कोर्टाला धन्यवाद देतो.”

2008 मध्ये एटीएसने प्रसाद पुरोहित यांना अटक केली होती. 2006 मध्ये अभिनव भारत संघटनेच्या स्थापनेत त्यांचा सहभाग असल्याचा दावा एटीएसने केला होता. ज्याद्वारे निधी गोळा करण्यात आला होता आणि कट रचण्यात आला होता, असं एटीएसने म्हटलं होतं. पुरोहित या प्रकरणाच्या केंद्रस्थानी होती. कट रचण्याच्या बैठकांमध्ये त्यांनी सक्रिय सहभाग घेतला होता आणि योजना अंमलात आणण्याच्या गरजेवर त्यांनी भाषणं दिली होती, ज्यात ‘सूड’ या शब्दाचा समावेश होता, असा दावा एटीएसने केला होता. एटीएसने असाही दावा केला होता की पुरोहित यांनी जम्मू आणि काश्मीरमध्ये तैनात असताना स्फोटासाठी आरडीएक्स मिळवलं होतं. परंतु पुरोहित यांनी संरक्षण मंत्रालयाच्या कागदपत्रांवरून हे सिद्ध केलं होतं की ते अशक्य आहे. ते एका गुप्तचर युनिटमध्ये काम करत होते आणि त्यांना कोणत्याही स्फोटकांपर्यंत पोहोचला आलं नव्हतं, असं त्यांनी स्पष्ट केलं होतं.