राष्ट्रीय तपास यंत्रणेने (NIA) लोकेश, राजेंद्र, दिवंगत सुनील जोशी आणि इतरांविरुद्ध दोषारोपपत्र दाखल केले होते. या तपासाचा मुख्य आधार २०१० मध्ये स्वामी असीमानंद यांनी दिलेला एक जबाब होता, ज्यामध्ये त्यांनी या स्फोटात "सहा मुलांचा" सहभाग असल्याचा आरोप केला होता. तथापि नंतर त्यांनी हा जबाब मागे घेतला आणि तो जबाब दबावाखाली किंवा सक्तीने घेतला गेला होता, असा दावा केला.

सुनावणीदरम्यान, आरोपींचे वकील कौशिक म्हात्रे यांनी न्यायालयासमोर असा युक्तिवाद केला की, या प्रकरणात कोणताही प्रत्यक्षदर्शी साक्षीदार नाही. शिवाय, इतर न्यायालयांनी यापूर्वीच फेटाळून लावलेल्या जबाबाच्या आधारे आरोपींवर दोषारोप निश्चित केले जाऊ शकत नाहीत, असेही त्यांनी प्रतिपादन केले. हे युक्तिवाद ग्राह्य धरून, उच्च न्यायालयाने या खटल्याला स्थगिती दिली.

६ वर्षे तुरुंगात, त्यानंतर जामीन

लोकेश शर्मा आणि राजेंद्र चौधरी यांना २०१३ मध्ये अटक करण्यात आली होती आणि ते सुमारे सहा वर्षे तुरुंगात होते. २०१९ मध्ये त्यांना जामीन मंजूर करतानाही, उच्च न्यायालयाने असे निरीक्षण नोंदवले होते की, खटला पूर्ण झाल्याशिवाय व्यक्तींना इतक्या प्रदीर्घ काळासाठी तुरुंगात डांबून ठेवणे अन्यायकारक आहे.

२००६ चे स्फोट, ज्यांनी देशाला हादरवून सोडले

८ सप्टेंबर २००६ रोजी, महाराष्ट्रातील मालेगाव येथे हमीदिया मशीद, दफनभूमी परिसर आणि मुशावरत चौकात झालेल्या साखळी स्फोटांमध्ये ३१ लोकांचा बळी गेला, तर ३०० हून अधिक लोक जखमी झाले. आपल्या प्राथमिक तपासात, दहशतवाद विरोधी पथकाने (ATS) नऊ मुस्लिम तरुणांना अटक केली होती; मात्र, पुराव्यांच्या अभावामुळे २०१६ मध्ये त्यांची निर्दोष मुक्तता करण्यात आली. त्यानंतर, या प्रकरणाचा तपास सीबीआयकडे (CBI) आणि पुढे एनआयएकडे (NIA) सोपवण्यात आला. २०२५ मध्ये आरोप निश्चित

सप्टेंबर २०२५ मध्ये, एका विशेष न्यायालयाने चार आरोपींविरुद्ध आरोप निश्चित केले; या निर्णयाला आरोपींनी त्यानंतर उच्च न्यायालयात आव्हान दिले. जानेवारी २०२६ मध्ये, या प्रकरणाची सुनावणी करताना, उच्च न्यायालयाने खटल्याच्या कार्यवाहीला तूर्तास स्थगिती दिली.

आपल्या तपासात, या स्फोटांमागे उजव्या विचारसरणीशी संबंधित व्यक्तींचा हात असल्याचा दावा 'एनआयए'ने (NIA) केला होता. या संदर्भात, लोकेश शर्मा, राजेंद्र चौधरी, धनसिंग आणि मनोहर नरवारिया—हे सर्वजण इंदूर विभागातील रहिवासी आहेत—यांना आरोपी म्हणून नावे समाविष्ट करण्यात आली होती.

सप्टेंबर २०२५ मध्ये, विशेष न्यायालयाने या चारही व्यक्तींविरुद्ध आरोप निश्चित केले; या आदेशाला आव्हान देत त्यांनी उच्च न्यायालयात धाव घेतली.

जानेवारी २०२६ मध्ये, त्यांच्या याचिकेवर सुनावणी करताना, उच्च न्यायालयाने खटल्याच्या सुरू असलेल्या कार्यवाहीला स्थगिती दिली; यामुळे या दीर्घकाळ चाललेल्या कायदेशीर लढ्यात आरोपींना मोठा दिलासा मिळाला आहे.